在氣相色譜儀常用的氣體凈化裝置一般包括三種：除水裝置、除烴裝置和除氧裝置，在實際使用中應當根據檢測器的類型和實際需要選用合適的氣體凈化裝置。

常用于脫水的物質是變色硅膠和分子篩，通常采用變色硅膠初步脫水，分子篩進一步深度脫水。

氣體凈化器的功能是用來保證氣相色譜儀GC的分析質量和分析結果的穩定性，延長色譜柱壽命和減少檢測器的噪聲。如變色硅膠變紅后失去除水功能，FID氫火焰離子化檢測器用于燃燒的氫氣中會帶有細微的水滴，會對檢測器的火焰狀態造成影響，出現毛刺、基線噪聲大等現象，因此平時應當做好儀器維護，定期老化和更換。